Sekolah Muhammadiyah yang satu ini memang selalu menorehkan prestasi yang membanggakan. SMP MUH AL MUJAHIDIN yang merupakan sekolah unggulan di Gunungkidul dalam tahun ajaran 2022/2023 ini meraih 331 prestasi. Kepala SMP MUH AL MUJAHIDIN Agus Suroyo, M.Pd.I menjelaskan bahwa sekolahnya dalam satu tahun ini meraih 331 prestasi dengan rincian 13 prestasi tingkat kecamatan, 42 prestasi kabupaten, 77 prestasi provinsi, 99 prestasi provinsi,dan 109 prestasi internasional.
Tidak hanya itu capaian akademik tahun ini juga menunjukkan keunggulan sekolah ini. Hasil ujian sekolah yang diselenggarakan oleh Majelis Dikdasmen PWM DIY bekerjasama dengan BKS SMP MUH SE DIY menempatkan SMP ini meraih peringkat pertama hasil terbaik untuk seluruh sekolah madrasah Muhammadiyah se DIY. Adapun hasil ASPD, SMP MUH AL MUJAHIDIN meraih peringkat 2 sekolah negeri swasta se Gunungkidul.
Dengan torehan prestasi prestasi ini maka wajar trust masyarakat menyekolahkan ke SMP MUH AL MUJAHIDIN semakin tinggi. Bahkan inden PPDB tahun depan sudah 2 kelas full.